秀丸でデフォルトの設定が「日本語(Shift-JIS)」なので、秀丸経由でコピペした際にトラブルが発生してしまいました。調べたところ、デフォルトの設定をUTF-8に変更する方法があるようなので設定を変えてみました。
まず、秀丸のツールバーの「その他」を選択します。
ダイアログの左下に「上級者向け設定」のチェックボックスがあるのでチェックを入れておきます。
左のツリーリストから「ファイル」、「エンコード1」の順に選択します。 右下あたりにある「標準のエンコードの種類」ボタンをクリックします。
標準のエンコードの種類ダイアログが表示されるので、エンコードの種類欄から「日本語(UTF-8)」を選択してOKボタンをクリックします。
以上で、起動時のエンコードの設定がUTF-8で利用できるようになります。