RFCで規定されているURIスキームの一覧が「URI scheme - Wikipedia, the free encyclopedia」に載っています。
このURIスキームのうち一番の有名なものを言えば「http://」でしょうか。他にもtelスキームがあり、Windows Mobileの場合は電話アプリに電話番号を渡します（例：Windows Mobile(.NET Compact Framework)で電話を掛ける - 酢ろぐ！）。
カスタムプロトコルを追加する方法について記載しているページをご紹介します。
- Windows, Windows Mobile でURLスキームに対応する方法
- Registering an Application to a URI Scheme
- Trying to register an URL schema (Custom protocol) in Windows Mobile 6.1
この技はデスクトップ版のWindowsでも使えるようです。
