Xcode 4.2に変更して、iOS Deployment Targetを「4.3」に上げると、以下のメソッドでエラーが発生する様になりました。
[[UIApplication sharedApplication] setStatusBarHidden:YES animated:YES];
画面遷移のアニメーションにフェードが増えたので、このメソッド自体は「3.2」以降使ってはいけないメソッドだったらしい。今回の対応でiOS Deployment Targetを3.2以前の事は考えなくてよくなったので、setStatusBarHidden:withAnimation:メソッドを以下の様に書き換えるようにしました。
[[UIApplication sharedApplication] setStatusBarHidden:YES withAnimation:UIStatusBarAnimationSlide];
これでwarningは発生しなくなったかと思います。